Kafijas galvenā uzturvērtība ir atkarīga no tā, kur pupiņas tika savāktas un kā tās tika uzglabātas, kuras pēc tam tiks samaltas kafijā.
Turklāt ne mazāk svarīga ir pupiņu grauzdēšana.
Grauzdējot zaļās pupiņas, izdalās vairāk antioksidantu, taču nepieredzējuši cilvēki šādas pupiņas var viegli pārgrauzdēt, tāpēc ieteicams izvēlēties gaiši brūnas pupiņas.
Grauzdētas pupiņas vislabāk uzglabāt hermētiski noslēgtos traukos un samalt tās tieši pirms paša dzēriena pagatavošanas.
Nevajadzētu dzert kafiju ar dažādām piedevām. Vajadzētu pat atteikties no cukura, jo kafija pati par sevi ir ārkārtīgi barojošs produkts, un piedevas parasti samazina šī dzēriena sniegtās priekšrocības.